La historia de la parroquia comienza cuando Bacalar estaba en su esplendor. En la notaría no se tiene registro de una fecha exacta, pero se sabe que dependía la capilla “ de Payo Obispo “ de la parroquia de Bacalar. Posteriormente se tiene registro que a inicios del siglo XX el párroco pertenecía a la comunidad jesuita establecida en Corozal, Belice. Cerca de 1907 la parroquia del Sagrado Corazón depende canónicamente de la diócesis de Campeche, y en funciones está un párroco diocesano. Se tiene noticia que la primera piedra del edificio  fue puesta en 1943; la lectura del acta de ese evento la llevó acabo el padre Ambrosio Delgadillo.

La vida parroquial continúa con varios párrocos a lo largo de la historia del desarrollo de la misma hasta qué monseñor Jorge Bernal Vargas, L.C. toma posesión como administrador apostólico de Chetumal en 1970.

En 1974 cuando el Papa Pablo VI nombra prelatura territorial de Chetumal, la parroquia del Sagrado Corazón se vuelve la sede de dicha prelatura.

El Sagrado Corazón se volvió el corazón de la prelatura y de donde salía la evangelización hacia todo el territorio. La mayor parte de las capillas, que después serían parroquias, nacieron Sagrado Corazón, como por ejemplo: El Perpetuo Socorro, San Judas Tadeo, San José María de Yermo y Parres, María Auxiliadora, Santa Cruz por mencionar algunas. Cabe mencionar qué era el centro de toda la evangelización de Quintana Roo. Aquí acudían los padres legionarios cada mes para analizar la evangelización del resto del territorio de Quintana Roo, posteriormente Estado.